Mõisaküla sijaitsee aivan Viron ja Latvian rajalla. Tätä kautta liikennöitiin jopa Riikaan 1980-luvun alusta 1990-luvulle. Mõisakülasta tuli risteysasema jo 1800-luvun lopussa, kun Valgasta ja Viljandista Päärnuun suunnanneet radat kohtasivat Mõisakülassa. Jälkimmäinen yhteys purettiin 1970-luvulla, jolloin Virossa loppui kapearaideliikenne. Leveäraiteiseksi muutettu Mõisakülan ratakin hiljeni 2000-luvun alussa ja purettiin vuonna 2008. Nykyinen asemarakennus on järjestyksessään jo kolmas.