Pärnun asema on ollut monessa paikassa. Nykyinen on oikeastaan Papiniidun seisake, jolta on kuljetus keskustaan. Pärnun asema sijaitsi 1970-luvulta vuoteen 2013 Raekülassa, jonka tyylikkään moderni asemarakennus, joka valmistui 1985, purettiin jo vuonna 2012. Pärnun tavara-asema (Pärnu Kaubajaam) sijaitsee edelleen Pärnujoen pohjoispuolella.